Le 17 Avril 1944 cinq cents Allemands, assistés là encore par la Milice, cernent la ville de POligny. Ils arrêtent tous les hommes de dix-huit à soixante ans soupçonnés d’aider la Résistance. Une plaque commémorant cette tragédie sera plus tard apposée à l’intérieur de l’établissement -l’ancienne Sous Préfecture, actuellement Lycée H. Friant- où ont été rassemblées et triées les victimes.
« A l’intérieur de cet établissement, le 17 avril 1944 53 patriotes français arrêtés par les Allemands et la Milice furent rassemblés avant d’être déportés dans les camps nazis.
30 d’entre eux y donnèrent leur vie pour notre liberté »
Le soir un car les emmène à Clairvaux d’où ils seront dirigés vers la prison lyonnaise de Montluc
Parmi ces déportés on trouve des éléments actifs de la Résistance, tant civile que militaire. René Simonin, déporté à Buchenwald (rentré), Joseph Loye, déporté à Buchenwald (rentré), Jules Faivre, adjudant de l'armée d'armistice, déporté à Dora (non rentré), Yves Riou, lui aussi militaire, déporté à Buchenwald (non rentré), Pierre Fournot, membre du réseau S.O.E. «Grand Père», déporté à Dora (rentré), François Favin, directeur de l'école laitière de Poligny, agent P1 du réseau Théodule Buckmaster, déporté à Buchenwald (rentré). Mais également Louis Therville qui décèdera à Dora, et ses enfants Georgette et Maurice qui rentreront.
Deux familles juives, Metzger et Meyer, seront dirigées vers le camp de Drancy, antichambre d’Auschwitz. Comme nombre de victimes juives, les épitaphes les ont longtemps oubliées, n’étant pas considérées comme « des enfants du pays ». Maurice Choquet et la section départementale de la FNDIRP participeront activement à la réparation de cet oubli.
La Gestapo perquisitionne chez le capitaine Gourand qui réussit à s’enfuir et établit son P.C à Mont sous Vaudrey où il met sur pied des groupes avec l’aide de l’Aspirant Pauly.