- 1 juillet 1943 : Par décision T.O. 4118 OLA/A du 23 juin, L'Ecole doit céder le quartier Charreton à l'armée allemande qui en prend possession le 02 au matin.
- 1 septembre 1943 : L'Ecole est transférée au Camp de Thol, près de Pont-d'Ain (Ain), où elle est dissoute le 03 mai 1944.
- Mai 1944 : Les élèves passent au maquis de l'Ain (Camp MAZAUD) qui devient le Maquis des Enfants de Troupe. Les quelques gradés, le surveillant général et le cuisinier, restés dans l'Ecole sont arrêtés par les Allemands et fusillés à Neuville-sur-Ain le 11 juillet à 16 heures. Plus de 118 Elèves de l'Ecole prendront le maquis et participeront aux combats dans les rangs de la Résistance
- 15 mai 1944 : Le Sous Lieutenant Auge qui commande le maquis des Elèves passe le commandement à l'Aspirant MAZAUD (allias SIGNORI) qui est un jeune sous-officier d'active de 23 ans. Ce maquis se compose au départ de près de 70 combattants dont 56 Elèves d'Autun, tous âgés entre 16 à 19 ans
- 6 juin 1944 : Avec les membres des F.F.I. les Elèves attaquent la garnison allemande de la gare d'Ambérieux et font sauter 52 locomotives du dépôt et en immobilisent 20 autres destinées aux Allemands du front d'Italie.
- 11 juillet 1944 : Les Elèves retournent à l'Ecole mais beaucoup rengagent au Bataillon COLIN qui devient le 1/99ème Régiment d'Infanterie Alpine. Ils combattront en Maurienne et dans le Briançonnais. Il y aura 11 Elèves, âgés de 16 à 18 ans, qui tomberont au Champ d'Honneur et 15 blessés au combat de la Valbonne pour empêcher le passage des Allemands.
- Septembre 1944 : En final, les Elèves du camp Mazaud reçoivent : 1 citation à l'ordre de l'Armée, 29 citations à l'ordre de la division, 26 citations à l'ordre de la Brigade. Ils auront 16 blessés et 24 tués et les cadres compteront 7 fusillés et 3 tués dans les combats.
- 1 novembre 1944 : L'école reprend ses quartiers d'Autun. 47 élèves sont tombés au champ d'honneur durant les 6 mois de combats mais plus de 60 citations leur ont été attribuées pour leurs actes de courages.